精子在睾丸内产生，在睾丸的精曲小管内经历精原细胞，初级精母细胞，次级精母细胞，精子细胞，最后形成成熟的精子，并释放到精曲小管内，是一个持续过程，大约在精曲小管内经历64～72天。在精子形成的整个过程中都受到内分泌激素的调节，任何影响生精功能的因素均将导致精子数目减少。
导致少精子症的原因包括以下7个方面。
精索静脉曲张
精索静脉曲张时，使睾丸的局部温度升高，血管活性物质增加，从而影响睾丸生精功能。但精索静脉曲张程度与精子质量不成比例。
隐睾
隐睾是影响精液质量的重要原因之一。单侧隐睾约60%病人不育，因此若精子密度低，又有隐睾存在，必须及早治疗。
生殖道感染
附属生殖腺的慢性感染，可以影响精液中的各种化验指标。
自身免疫
生殖免疫学研究发现，男性自身免疫可影响生育能力，抗精子抗体可影响精子的产生和运送。
内分泌异常
男性正常生精功能依赖于下丘脑—垂体—性腺轴功能的正常，其中任何一环节障碍，都会影响生精功能，其它如甲状腺、肾上腺疾病也会影响生殖腺功能而致少精子症。
染色体异常
染色体畸变对精子密度、活动率及形态均有严重影响。
其它
阴囊温度过高，放射损伤，化学毒品及药物影响均可造成少精子症。
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